Ο πάτερ Ρόναλντ Μακάλουμ έχει αναλάβει εδώ και είκοσι χρόνια μια μυστική αποστολή: η πανίσχυρη Σύνοδος για το Δόγμα της Πίστης του Βατικανού του έχει αναθέσει να παρακολουθεί στενά το μυστηριώδες χειρόγραφο Βόινιτς, ένα παλιό κρυπτογραφημένο κείμενο που μέχρι σήμερα κανείς δεν έχει καταφέρει να ερμηνεύσει. Όταν ένα αυτιστικό παιδί επισκέπτεται τη Βιβλιοθήκη Μπέινεκε του Γέιλ όπου φυλάσσεται το χειρόγραφο και αρχίζει να διαβάζει τις σελίδες πίσω από την προθήκη, το Βατικανό δε θα διστάσει να μεταχειριστεί κάθε μέσο για να προστατευτεί, καθώς ένα από τα πιο σκοτεινά μυστικά του Θεού κινδυνεύει να αποκαλυφθεί.